Podczas fonowania w obszarze oddziaływania można poczuć przyjemne ciepło i delikatne wibracje.

Jeśli w strefie oddziaływania znajduje się jeden ze splotów nerwowych, może pojawić się ból. To dobry symptom, który świadczy o pojawieniu się odpowiedniej reakcji organizmu na bodźce zewnętrzne. Przy pojawieniu się bólu zabieg nie jest przerywany. Jednocześnie można skrócić czas oddziaływania na obszar wrażliwy i/lub na kręgosłup w ramach jednego zabiegu (nie redukując liczby zabiegów na dobę).

Fonowaniu w przypadku chorób przewlekłych zazwyczaj towarzyszy krótkotrwała eskalacja bólu (5–10 dni), który stopniowo zanika. W przypadku pojawienia się ostrzejszego bólu zabiegi nie są przerywane.

W przypadku zaawansowanych stanów chorobowych ból może zniknąć dopiero pod koniec pierwszej kuracji, a nawet dopiero przy następnych kuracjach fonowania.